附属儿中心团队研究发现POMES技术可作为罕见病临床首选遗传诊断方案

发布时间:2019-03-03 15:24  点击次数:81  来源:成都市京健人民医院

随着医学技术的日益发展,罕见病已不再“罕见”。上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心分子遗传团队近日在医学遗传学权威学术杂志《Genetics in Medicine》(影响因子9.937)发表了关于如何利用二代测序技术在中国开展对儿科罕见遗传病的分子诊断的研究结果。研究表明国内目前在临床遗传医师、遗传咨询师等专业人员匮乏的状态下,将“患儿医学外显子组基因测序(Proband-only Medical Exome Sequencing,POMES)”作为临床疑似病例首选的遗传学检测项目,具有较高的经济性和临床有效性。这一方案同时解决了二代测序成本高、以及临床医生分子遗传背景参差两个最棘手的问题。

二代测序技术近年来在西方发达国家的罕见遗传病诊断中正逐渐得到广泛应用。上海儿童医学中心利用POMES方案不依赖于大量的临床评估与诊断,临床医生不需要根据病人的临床表型选择不同的二代测序方案,既降低了对临床医生医学遗传学知识的要求,也避免了因为选择偏差而导致的延长确诊周期和增加病人负担。

该项目负责人上海儿童医学中心分子诊断实验室主任王剑研究员介绍,POMES方案靶向近3000个已知的疾病致病基因,仅就患者行二代测序筛查,用一代测序方法验证突变来源与致病性。相比欧美国家采用一家三口全外显子组测序的做法,POMES大大降低了病人的经济负担。截止2018年12月,该方案已经检测了7000多例临床疑似遗传病样本,诊断明确了近3000例罕见疑难病例,约400余种,其中至少50种为国内首先报道。 

上海儿童医学中心罕见病诊治中心主任陈静教授表示,罕见病大多数是由于基因缺陷所致,由于种类繁多、表型复杂多样,使临床诊断和有效治疗非常困难。近年来,儿中心在上海市率先开设“罕见疑难病联合门诊”与“医学遗传联合门诊”,开展罕见疑难病临床多学科会诊与专业的遗传咨询等。医院于2011年成立了“上海儿童医学中心-哈佛大学医学院波士顿儿童医院分子遗传诊断联合实验室”。目前实验室能够完成从单个碱基到整条染色体变异的所有遗传学实验,是国内最早开展临床高通量测序和基因芯片检测的实验室之一,能够对4000多种罕见遗传病开展基因诊断。通过临床病例表型与基因组大数据积累,初步搭建了中国人群儿童罕见遗传病数据库,并逐步建立“人工智能”基因组变异解读系统,掌握了部分罕见遗传病在中国人群中的发病规律与基因突变谱,并为4000多个家庭提供了遗传咨询,指导协助产前诊断1000多例、植入前诊断100余例。

与此同时,医院也积极探索罕见病治疗,在国内率先开展免疫缺陷、遗传代谢病等几十种罕见病的造血干细胞移植治疗,目前已累计治疗250例。2017年,由上海儿童医学中心为核心单位,上海市罕见病防治基金会联合国内各个领域的112名专家历时一年多编写完成国内首部罕见病专著《可治性罕见病》问世,收录了117种目前可以被明确诊断,并有治疗方案的罕见病。

“今年,儿科专家将再度联手,将在罕见病日推出又一部罕见病专著,这将为中国认识罕见病,推动罕见病诊治工作贡献我们的力量!”陈静教授表示。

论文链接:https://www.nature.com/articles/gim2017195

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